עם פריצת גדרי המסורת בחברה היהודית בסוף המאה הי"ח ובתחילת המאה הי"ט, השלימו הקהילות על רבניהן עם נוכחות של פורצי גדר במסגרתן. ואולם, עם התגבשות הזרם הרפורמי בגרמניה, וגלגולו המתון המכונה "ניאולוגי" בהונגריה, חתרו האורתודוקסים המיליטנטים לפירוד ארגוני ביניהם ובין מתנגדיהם. מגמה זו נתקלה בהתנגדות פנימית וחיצונית כאחת. השלטונות לא הכירו אלא בדת יהודית אחת ותודעת אחדות הגורל היהודי פסלה אף היא את רעיון הפילוג. תמורות במעמד הדת במדינה ובחברה בתקופת הליברליזם החלישו את חישוקי העדה מבית ומחוץ. כך נפתח פתח למאבק עקשני ומר במוסדות המדינה ובציבוריות היהודית בין החותרים לפילוג ובין הדוגלים באחדות חרף הניגודים הדתיים. במוקד הספר "הקרע שלא נתאחה" עומד הקונגרס היהודי בהונגריה משנת 1869-1868, שבו אירע הפילוג בין האורתודוקסים ליריביהם. הפילוג הביא להקמת שני ארגונים ארציים נפרדים, שקיומם אך העמיק את הניגודים בין שני המחנות. הזירה השנייה של המאורעות המתוארים בספר היא גרמניה, ובמיוחד קהילת פרנקפורט, שבה ניהל הרב שמשון רפאל הירש מאבק על עצמאות עדתו, עדת ישורון האורתודוקסית. הספר מתאר את מהלך ההתרחשויות, שאינן חסרות אופי דרמטי ואף טרגי.

עת לחקור ועת להתבונן הוא ספרו האחרון של פרופסור יעקב כ"ץ ז"ל. המחבר שקד על כתיבתו בשנה האחרונה לחייו והשלים את המלאכה שבועות ספורים לפני מותו. מתחילה התכוון המחבר להגיב על התופעה הקרויה 'ההיסטוריונים החדשים', בפרט בשאלת יחסו של היישוב לשואה ובשאלת התהוותה של בעיית הפליטים הפלשתינאים. כמו כן ביקש להגיב על הערעור שיצא מקרבם על תקפותו של המחקר ההיסטורי כדיסציפלינה ביקורתית. ואולם, משהחל לעסוק בסוגיות אלה בחר להעמיד גירסה משלו במקום להיגרר לפולמוס.

עת לחקור ועת להתבונן עיקרו 'מסה היסטורית על דרכו של בית ישראל מאז צאתו מארצו ועד שובו אליה'. מסה זו מוקדשת להתבוננות מקיפה בתולדותיהן של קהילות ישראל שישבו בארצות הנוצרים מאז ראשיתם של ימי הביניים ועד לדורות האחרונים. התבוננות זו מתמקדת בגלגוליהן של שתי תופעות נמשכות והולכות: המתח שבין היהודים לבין האומות הנוצריות והחתירה של היהודים לשמר ולקיים את זהותם הקיבוצית. בשתי תופעות אלה נעוצים השורשים ההיסטוריים של השואה ושל הקמת מדינת ישראל. שני הפרקים האחרונים של החיבור עוסקים ב'שואה והיישוב בארץ ישראל' וב'מדינת ישראל - הישגיה ומחדליה'.

עת לחקור ועת להתבונן הוא בבחינת צוואה של אחד מגדולי ההיסטוריונים בדורנו, צוואה מחקרית ואקטואלית כאחד.